L'origine di questa chiesa sembra risalire alla fine del VII secolo o all'inizio di quello successivo. Quanto alla sua ubicazione, Mario Mazzotti riporta che nel 1868 fu demolita dal conte Giovanni Lovatelli: i ruderi che ne rimasero sono posti in via Zagarelli alle Mura.
La chiesa fu costruita per volere dei Gesuati e consacrata il 3 dicembre 1564 da Agostino Molignati vescovo di Bertinoro, in quella che oggi è l'attuale Piazza Duomo. Quasi un secolo dopo l'edificio passò al Seminario Arcivescovile, che lo cedette nel 1661 ai Gesuiti. Furono loro che, nel 1668, diedero un nuovo volto alla chiesa ampliandola e dotandola di quattro cappelle laterali.
Profanata e ridotta a caserma e magazzino durante il periodo rivoluzionario francese, San Girolamo alternò, nel corso del XIX secolo, fasi di chiusura e riapertura momentanea a causa dello stato dell'edificio, mal ridotto e pericolante.
La chiesa fu definitavemente chiusa nel 1909, per essere poi demolita tra 1929 e 1930.
La Chiesa sarebbe stata commissionata da Lauricio, cubicularius dell'imperatore Onorio, e la sua realizzazione si collocherebbe intorno al 425.
Ridotta allo stato di rudere nel XV secolo, nel 1553 fu concessa alla canonica di Porto che decise di abbatterla e ne riutilizzò le spoglie per la costruzione della chiesa di S. Maria in Porto.
Chiesa dedicata a San Nicola (o Nicolò), patrono di Bari, e costruita nell'VIII secolo d. C. Fu riedificata nel corso del XIV secolo, in una posizione non distante dal nucleo originale. Dal 2011 al 2023 è stata la sede del museo TAMO.
La Chiesa di San Sebastiano ebbe in origine il titolo di S. Ruffillo, di cui si hanno notizie sin dal 976 d. C. Nel corso del XV secolo i veneziani decisero di aggiungere alla preesistente chiesa di San Sebastiano una seconda, dedicata a San Marco. Le due "chiese gemelle", che affacciavano su Piazza del Popolo, divennero sconsacrate nel 1798.
Costruita nel V secolo da parte del vescovo Esuperanzio, la chiesa presentava tre navate decorate con mosaici e marmi sectili. L'edificio subì numerosi rimaneggiamenti in epoca medievale e rinascimentale sino alla riduzione a una sola navata nel XVII secolo. L'edificio venne abbandonato e successivamente demolito prima del 1844.
Chiesa di un monastero benedettino femminile, all'indomani della sconsacrazione che seguì l'ingresso dei Giacobini in città fu trasformata in magazzino. Alcuni disegni realizzati dal'architetto Giuseppe Cuppini mostrano l'edificio suddiviso in tre navate, dotato di campanile cilindrico e di una cripta.
Di questa chiesa oggi resta la facciata e l'attacco dei muri, inglobati nelle murature di una abitazione in via Ercolana, e un tratto dell'abside e dei restanti muri perimetrali visibili nel cortile del Convento dei Cappuccini.
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